日本ハラール研究所（JAHARI）は、波山（ハサン）カムルル教授（代表理事、ウタラ・マレーシア大学教授）と、民谷栄一教授（副代表理事、大阪大学大学院教授）がハラールサイエンス・テクノロジーのさまざまな観点において6年以上試行錯誤を重ねた後、2014年7月に設立しました。ここに至った経緯は以下の通りです。

2008年3月

マレーシア、クアラルンプールでの世界ハラールフォーラム（World Halal Forum）に参加しイベントの間に、フォーラムの講演者として招待されていたブルネイ産業資源省（MIPR）の農業局長（当時）であるハジャ・ノルマー・スリア・ハヤティ氏と出会いました。情報交換の後、ハジャ・ノルマー氏はハサン教授を2008年8月にブルネイで開催されるハラール博覧会（Halal Expo）に招待しました。ハサン教授は2人の日本企業経営者と共に同博覧会に参加している間、ハラールサイエンス・テクノロジーについての共同研究の議論のために日本を訪れるようハジャ・ノルマー氏に勧めました。

2008年11月

ハジャ・ノルマー氏は代表団を連れて、大阪大学と東京を拠点とする企業を訪れました。訪問の際、彼女はハサン教授によって組織運営されるハラールサイエンスの発展に関して、大阪大学とブルネイとの間の公式の提携を提案しました。

2009年8月

ハサン教授と民谷教授はブルネイで開催された国際ハラール市場会議（International Halal Market Conference）へ、プレゼンター、パネリストとして招待されました。このイベントの間、特別来賓として、ブルネイの国王と交流する貴重な機会を持ちました。

2010年5月

ブルネイ産業資源大臣であるダト・スリ・ハジ・ヤフヤ氏が率いるトップレベルのブルネイ政府代表団が大阪大学を訪問しました。訪問の際、ヤフヤ氏はハラールサイエンスの発展のため、民谷、ハサン両教授に対して、ブルネイ政府との公式の共同研究を申し出ました。ハラールのより幅広い問題に対処するために、ハサン教授は日本食品分析センターとフロリダ州立大学をこの活動に加えることにしました。

2013年5月

その結果として、2013年5月に、ブルネイにて、ブルネイ政府が企画、ハサン教授が進行を務めたセミナーに参加した上記組織の代表により、大阪大学、日本食品分析センター、フロリダ州立大学の3つの異なる了解覚書（MOU）に署名がなされました。

2014年2月

ブルネイで開催された第2回国際ハラールシンポジウム（Second International Halal Symposium） にて、世界中のハラールビジネスの発展に貢献する先端科学技術を実践するために、日本で法人を設立するというアイデアの支援者を、募ることを決めました。

2014年7月

JAHARIは一般社団法人として設立され、兵庫県庁に登記されました。